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巻号一覧
26 巻 (2024)
3 号 p. 243-
2 号 p. 149-
1 号 p. 1-
25 巻 (2023)
4 号 p. 270-
3 号 p. 187-
2 号 p. 111-
1 号 p. 1-
24 巻 (2022)
4 号 p. 191-
3 号 p. 139-
2 号 p. 91-
1 号 p. 1-
23 巻 (2021)
4 号 p. 223-
3 号 p. 155-
2 号 p. 77-
1 号 p. 1-
22 巻 (2020)
4 号 p. 288-
3 号 p. 203-
2 号 p. 109-
1 号 p. 1-
21 巻 (2019)
4 号 p. 251-
3 号 p. 176-
2 号 p. 89-
1 号 p. 1-
20 巻 (2018)
4 号 p. 222-
3 号 p. 148-
2 号 p. 77-
1 号 p. 1-
19 巻 (2017)
4 号 p. 223-
3 号 p. 146-
2 号 p. 74-
1 号 p. 2-
18 巻 (2016)
4 号 p. 211-
3 号 p. 136-
2 号 p. 67-
1 号 p. 1-
17 巻 (2015)
4 号 p. 202-
3 号 p. 136-
2 号 p. 71-
1 号 p. 1-
16 巻 (2014)
4 号 p. 227-
3 号 p. 140-
2 号 p. 77-
1 号 p. 1-
15 巻 (2013)
4 号 p. 225-
3 号 p. 145-
2 号 p. 79-
1 号 p. 1-
14 巻 (2012)
4 号 p. 178-
3 号 p. 118-
2 号 p. 71-
1 号 p. 1-
13 巻 (2011)
4 号 p. 157-
3 号 p. 98-
2 号 p. 45-
1 号 p. 1-
12 巻 (2010)
4 号 p. 4_12-
3 号 p. 3_13-
2 号 p. 2_11-
1 号 p. 1_1-
11 巻 (2009)
4 号 p. 4_10-
3 号 p. 3_13-
2 号 p. 2_14-
1 号 p. 1_1-
10 巻 (2008)
44 号 p. 6-
43 号 p. 2-
42 号 p. 2-
41 号 p. 3-
9 巻 (2007)
40 号 p. 8-
39 号 p. 1-
38 号 p. 2-
37 号 p. 3-
8 巻 (2006)
36 号 p. 8-
35 号 p. 2-
34 号 p. 2-
33 号 p. 4-
7 巻 (2005)
32 号 p. 6-
31 号 p. 2-
30 号 p. 3-
29 号 p. 2-
6 巻 (2004)
28 号 p. 6-
27 号 p. 5-
26 号 p. 3-
25 号 p. 1-
5 巻 (2003)
24 号 p. 9-
23 号 p. 4-
22 号 p. 3-
21 号 p. 3-
4 巻 (2002)
20 号 p. 8-
19 号 p. 2-
18 号 p. 1-
17 号 p. 1-
3 巻 (2001)
16 号 p. 7-
15 号 p. 3-
14 号 p. 4-
13 号 p. 3-
2 巻 (2000)
10 号 p. 7-
9 号 p. 3-
1 巻 (1999)
8 号 p. 9-
6 号 p. 4-
5 号 p. 1-
14 巻, 3 号
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特集「京」
「京」特集にあたって
吉井 範行
2012 年14 巻3 号 p. 118
発行日: 2012/07/31
公開日: 2014/06/25
DOI
https://doi.org/10.11436/mssj.14.118
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(160K)
スーパーコンピュータ「京」の紹介
南 一生
2012 年14 巻3 号 p. 119-121
発行日: 2012/07/31
公開日: 2014/06/25
DOI
https://doi.org/10.11436/mssj.14.119
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2011 年6 月20 日(月),ドイツ・ハンブルクで開催された第26 回国際スーパーコンピューティング会議ISCʼ11 において,スーパーコンピュータ「京(けい)」が第37回TOP500 リスト第1 位を獲得した.本稿では「京」のプロジェクト概要及び「演算性能と汎用性の両立」「高性能と低消費電力の両立」「高信頼性」と云った「京」の特徴について紹介する.
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(3261K)
短距離古典分子動力学法の超並列計算に向けて
渡辺 宙志
2012 年14 巻3 号 p. 122-125
発行日: 2012/07/31
公開日: 2014/06/25
DOI
https://doi.org/10.11436/mssj.14.122
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近年のスーパーコンピュータの計算能力の増加は主にCPU 内でのSIMD 化,ノード内のコア数の増加,そしてノード数の増加による.これらの計算資源を使いこなすためには,多階層化されたシステムに対応した計算コードを開発する必要があり,プログラム開発者にとって大きな負担となっている.本稿では,短距離古典分子動力学法を題材に,1 万コアを超えるような超並列計算にどのように取り組めば良いかを紹介する.
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(303K)
京コンピューター上での汎用MD ソフトMODYLAS の開発
安藤 嘉倫
2012 年14 巻3 号 p. 126-129
発行日: 2012/07/31
公開日: 2014/06/25
DOI
https://doi.org/10.11436/mssj.14.126
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ここ数年我々の研究グループは通称「次世代スパコンプロジェクト」に参画し現在稼働中の京コンピューター上での運用を前提とした汎用分子動力学シミュレーションソフトMODYLAS (Molecular Dynamics Simulation Software for Large Systems) の開発を行ってきた. 8 万台をこえる計算機ノードから構成された巨大システムにおいて高並列・高演算性能を実現するために試行錯誤した過程を述べる.
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(1586K)
連載
QM/MM法と溶液の理論の融合による凝縮系の化学過程の自由エネルギー計算
(16) 凝縮系の第一原理計算の方法論について—
高橋 英明
2012 年14 巻3 号 p. 130-133
発行日: 2012/07/31
公開日: 2014/06/25
DOI
https://doi.org/10.11436/mssj.14.130
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前号で紹介したエネルギー表示の理論を、電子の密度汎関数理論(DFT)をベースとするQM/MM法と結合する方法(QM/MM-ER)を解説する。QM/MM-ER法により、効率良く正確に凝縮系の化学反応の自由エネルギーを計算することが可能となる。前号で述べたとおり、エネルギー表示の理論を含む溶液論では溶質—溶媒間の相互作用が2体的であることを前提としているので、QM/MM系のような多体の相互作用を含む系を扱うには何らかの工夫が必要である。本方法の要諦は、QM 系の溶質の電子密度がある空間分布
n
(
r
)
に固定された中間状態を経由することにある。これによって、溶質の溶媒和自由エネルギーを2体的な相互作用による寄与と溶質の電子分極による多体的な寄与とに分割する。2体的な寄与については標準的なエネルギー表示の理論が適用可能であり、多体の寄与もエネルギー表示の理論の枠組みで計算することが可能である。
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(3487K)
電子状態理論の初歩II
志賀 基之
2012 年14 巻3 号 p. 134-137
発行日: 2012/07/31
公開日: 2014/06/25
DOI
https://doi.org/10.11436/mssj.14.134
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近年の大型並列計算機の発展とともに分子シミュレーションと電子状態計算を統合した第一原理シミュレーションが普及し,国際標準になりつつある.これを用いて,従来では扱えなかった複雑な化学反応動力学や,光吸収や電磁場応答のような電子状態由来の物性などを対象に,さまざまな応用研究が広まっている.本稿では,電子状態理論の基礎をなすHartree-Fock 法について,分子シミュレーションとの接点を少し意識しながら再考したい.
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(1336K)
最近の研究から
新奇コロイドとしてのナノバブル: 電荷符号反転現象を中心に
古沢 浩
2012 年14 巻3 号 p. 138-144
発行日: 2012/07/31
公開日: 2014/06/25
DOI
https://doi.org/10.11436/mssj.14.138
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直径が1 µm 以下のナノバブルは,マイクロバブルと呼ばれる直径が10 µm 前後の微小気泡と異なり,浮上や液中消滅することなく長時間にわたって液中で安定分散することが,最近の研究により明らかとなった.では,このナノバブルは,従来のコロイド科学に何か新しい題材を提供する対象なのだろうか?本稿では,ナノバブル系のユニークな電気的性質を,電荷符号反転現象という強結合クーロン系固有の現象に焦点を当てながら紹介する.
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(982K)
暗所作動型プロトクロロフィリド還元酵素(DPOR)中の特異な[4Fe-4S]クラスターの電子構造と機能への影響
鷹野 優
2012 年14 巻3 号 p. 145-149
発行日: 2012/07/31
公開日: 2014/06/25
DOI
https://doi.org/10.11436/mssj.14.145
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キュバン型[4Fe-4S]鉄硫黄クラスターは生体内で電子移動,酵素反応等を行う補欠分子である.このクラスターには従来各々の鉄イオンにCys 残基が配位しているが,近年構造が明らかとなった暗所作動型プロトクロロフィリド還元酵素(DPOR)中には,四つの鉄イオンのうち一つにCys でなくAsp が配位している [4Fe-4S]クラスター(NB クラスター)が存在していた.Asp をCys に置換した変異体ではこの酵素が機能を示さないことから, Asp の配位が鉄硫黄クラスターの機能に必須であると考えられる.本研究では, [4Fe-4S] クラスターの電子構造と機能に対するCysからAspへの変換の影響を密度汎関数法により調べた.その結果,親水性の強い環境になるとNB クラスターが従来の[4Fe-4S]クラスターより電子を渡しやすくなることが明らかとなった.またDPOR の結晶構造から,NB クラスターは水分子や周りのアミノ酸と水素結合を多く形成しており親水性の高い環境中にあった.このことから[4Fe-4S]クラスターの配位子がCys からAsp へと変わることでプロトクロロフィリドの還元に必要な電子を渡しやすくしていると考えられる.
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(3035K)
博士論文紹介
膜透過ペプチドが引き起こす脂質二重膜の構造変化
川本 周平
2012 年14 巻3 号 p. 150-153
発行日: 2012/07/31
公開日: 2014/06/25
DOI
https://doi.org/10.11436/mssj.14.150
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膜透過ペプチドは細胞膜を透過する能力を持つペプチドであり、ドラッグデリバリーなどの応用に向けて、その膜透過機構の解明が望まれている。本研究では膜透過ペプチドが引き起こす脂質二重膜の変形や、膜透過時の自由エネルギー変化について明らかにするために、粗視化モデルを用いた分子動力学法を行った。膜透過ペプチドの特徴である脂質頭部への結合がペプチドの膜透過を助けることを示す。
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(1377K)
1成分単純液体のガラス転移
水口 朋子
2012 年14 巻3 号 p. 154-159
発行日: 2012/07/31
公開日: 2014/06/25
DOI
https://doi.org/10.11436/mssj.14.154
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2 つの極小を持つ等方的な2 体相互作用ポテンシャルを導入し,分子動力学シミュレーションを用いて2 次元単成分系でガラス状態が実現されることを示す.さらに,温度による結晶化メカニズムの違いを調べた.
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(4724K)
研究室だより
名古屋大学 工学部 化学・生物工学科 応用化学コース先端物理化学講座 理論・計算化学研究グループ 岡崎研究室
岡崎 進, 吉井 範行, 山田 篤志
2012 年14 巻3 号 p. 160-161
発行日: 2012/07/31
公開日: 2014/06/25
DOI
https://doi.org/10.11436/mssj.14.160
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(423K)
海外紹介
Ecole Normale Superieure, Paris滞在記
礒部 雅晴
2012 年14 巻3 号 p. 162-167
発行日: 2012/07/31
公開日: 2014/06/25
DOI
https://doi.org/10.11436/mssj.14.162
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